清代的变异期又可以视为是对中国哲学体系的彻底反叛，学者的研究方法已经与西方的科学实证主义极其类似。因此，可以说，虽然中国没有产生自然科学，但社会科学到了清代，已经具备了强大的工具，并在逐渐改写着中国的历史与学术。

本书叙述了两大周期之中政府的格式化、民间的抵抗，以及每一个在哲学史上留下姓名的学者的贡献。

本书与传统的中国哲学史有两大区别：

第一，传统哲学史大都以春秋战国时代作为主要叙述点，而本书则从秦汉统一开始讲起，只叙述大一统时代到来之后的思想流变。这样做主要是为了寻找中国哲学的现实意义，由于都处于大一统时代，秦汉时期对现实的影响要比之前更加显而易见。

第二，传统哲学史以罗列每一家的具体观点为主。由于哲学家的许多观点都是类似的，虽然书大都很厚，但大量的篇幅浪费在相同观点的罗列上，读者也无法从中找到思想演化的轨迹。这样的书大都只能当资料查阅，无法让读者获得足够的有效知识。本书则更加注重讲解哲学发展的来龙去脉，让读者可以看到中国哲学如何演化、为什么这么演化，理解政治与哲学互动的奥秘。

与本系列的第一本书《中央帝国的财政密码》一样，本书虽然是寻找古代哲学的发展线索，却同样是一本对现代社会充满启发的书籍。当阅读完本书之后，读者在思考问题时，会打开更加广阔的视角。