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生物信息学交叉学科：一书两篇章，涵盖理论方法及软件。
内容简介
生物信息学是运用生物学、数学、计算机科学等多学科技术与手段进行生物信息的获取、贮存、分析、利用的一门交叉学科，是目前生物学研究热门领域之一。
本书内容包括两个篇章：一是Windows系统下进行文献检索、数据库使用、引物设计、核酸蛋白序列分析、进化分析、蛋白结构分析、miRNA分析等理论与方法及相关软件使用介绍；二是linux系统下面对于基因组测序、RNAseq、miRNAseq等二代测序数据组装、基因预测、注释、表达分析等操作流程及相关软件介绍。
作者简介
作者冯世鹏，中科院广州生物医药与健康研究院生物化学与分子生物学专业博士毕业，海南大学农学院讲师，担任海南大学本科及研究生的《生物信息学》《分子生物学》等课程教学任务，承担过多项重点科研或教研项目。
章节目录
封面
版权页
其 他
前言
写作任务分工
目录
第0章 绪论
0.1 生物信息学的发展历史
0.1.1 Bioinformatics的来源
0.1.2 生物信息学的定义
0.1.3 人类基因组计划
0.1.4 生物信息学发展重要人物及大事件
0.2 生物信息学的研究内容
0.2.1 生物分子数据的收集与管理
0.2.2 数据库搜索及序列比较
0.2.3 基因组序列分析
0.2.4 基因表达数据的分析与处理
0.2.5 蛋白质结构预测
0.2.6 非编码RNA研究
0.2.7 表观遗传学研究
0.3 生物信息学的生物学基础知识
0.3.1 遗传定律
0.3.2 DNA分子结构
0.3.3 基因结构
0.3.4 中心法则
0.3.5 密码子表
0.3.6 蛋白质结构与功能
0.3.7 PCR技术
参考文献
Windows篇
第1章 文献信息检索
1.1 文献资源的分类
1.1.1 根据出版形式进行分类
1.1.2 综合分类法
1.1.3 标识码及编号
1.2 文献的格式
1.3 文献检索
1.3.1 文献检索词的来源
1.3.2 搜索数据库选择
1.3.3 检索式构建
1.3.4 检索结果的处理
1.3.5 CNKI数据库查询举例
1.3.6 Elsevier数据库检索举例
1.4 文献信息的价值判断及阅读
1.4.1 文献的价值判断
1.4.2 文献有效阅读
1.5 科技查新
习题
参考文献
第2章 生物信息数据资源
2.1 核酸序列数据库
2.1.1 GenBank数据库及其分类
2.1.2 Entrez Nucleotide数据库及其分类
2.1.3 NCBI其他数据库
2.1.4 GenBank数据格式
2.1.5 GenBank数据访问方式
2.1.6 基因数据库记录格式及搜索
2.2 蛋白质序列数据库
2.2.1 UniProt数据库介绍
2.2.2 Uniprot数据获得方式
2.2.3 UniProt数据库记录格式
2.3 蛋白质结构数据库
2.3.1 PDB数据库发展历史
2.3.2 RCSB PDB数据库介绍
2.3.3 RCSB PDB数据库搜索
2.3.4 RCSB PDB数据记录
2.4 物种基因组数据库
2.4.1 小鼠基因组数据库
2.4.2 拟南芥基因组数据库
2.5 代谢通路数据库
2.5.1 在KEGG数据库搜索
2.5.2 主页快速链接
2.5.3 KEGG通路图及其元素意义
2.6 基因组浏览器
2.6.1 基因组数据展示内容
2.6.2 BLAT搜索
2.7 非编码RNA数据库
2.7.1 miRNA数据库
2.7.2 NONCODE数据库
习题
参考文献
第3章 序列比对
3.1 比对程序介绍
3.2 比对序列相似性的统计特性
3.3 在线BLAST序列比对
3.4 本地运行BLAST
3.4.1 BLAST程序的下载和安装
3.4.2 搜索数据库的索引格式化
3.4.3 运行BLAST程序，搜索本地序列数据库
3.5 多序列比对
3.5.1 ClustalX的使用
习题
参考文献
第4章 核酸序列分析
4.1 基因阅读框的识别
4.2 基因其他结构区预测
4.2.1 CpG岛的预测
4.2.2 转录终止信号预测
4.2.3 启动子区域的预测
4.2.4 密码子偏好性计算
4.3 引物设计
4.3.1 引物设计的基本原则
4.3.2 Primer 5引物设计
4.3.3 利用Primer 5进行酶切位点分析
4.4 核酸序列的其他转换
习题
参考文献
第5章 蛋白质序列分析
5.1 蛋白质理化性质和一级结构分析
5.1.1 蛋白质理化性质分析
5.1.2 蛋白质理化性质分布图
5.1.3 蛋白质信号肽预测
5.2 蛋白质二级结构分析
5.2.1 蛋白质跨膜结构区分析
5.2.2 蛋白质卷曲螺旋分析
5.2.3 蛋白质二级结构预测分析
5.3 蛋白质三维结构预测分析
习题
参考文献
第6章 基因表达分析
6.1 qPCR数据分析
6.1.1 绝对定量分析方法
6.1.2 相对定量方法分析
6.2 基因芯片数据分析
6.2.1 从GEO上下载基因芯片表达谱数据
6.2.2 将表达谱数据导入MATLAB软件
6.2.3 对soft格式文件的标准化
6.2.4 差异表达基因筛选
习题
参考文献
第7章 进化分析
7.1 进化理论介绍
7.1.1 种群是生物进化的基本单位
7.1.2 可遗传的变异是生物进化的原始材料
7.1.3 分子进化中性学说
7.2 进化分析（以MEGA为例）
7.2.1 序列准备
7.2.2 序列比对
7.2.3 建树计算
7.2.4 进化树的调整
习题
参考文献
第8章 非编码miRNA分析
8.1 miRNA简介
8.1.1 miRNA的生物合成
8.1.2 miRNA调控基因表达的机理
8.1.3 miRNA的生理调节作用
8.2 miRNA靶基因预测
8.2.1 miRNA靶基因的预测原理
8.2.2 miRNA靶基因的预测软件
8.2.3 miRNA靶基因的预测步骤
8.3 调控靶基因的miRNA预测
8.4 miRBase数据库的使用
8.4.1 miRBase数据库的搜索
8.4.2 miRBase数据库批量下载
8.4.3 miRNA记录信息
习题
参考文献
Linux篇
第9章 Linux系统
9.1 Linux简介
9.1.1 什么是Linux系统
9.1.2 为什么要学习Linux系统
9.1.3 如何学习Linux系统
9.2 Linux系统安装
9.2.1 Linux系统下载
9.2.2 系统安装盘制作
9.2.3 CentOS 6.5操作系统安装
9.2.4 更新yum源
9.3 Linux命令行模式——终端
9.4 Linux系统开关机
9.5 Linux系统文件
9.5.1 Linux文件夹及其主要作用（以CentOS 6.5为例）
9.5.2 Linux的文件信息的意义
9.5.3 Linux命令帮助文件
9.6 几个重要的快捷键
9.7 Linux系统的命令
9.7.1 Linux系统命令的输入格式
9.7.2 常用命令及其常用选项介绍
9.7.3 数据流重定向
9.7.4 管道命令
9.7.5 vim编辑器工具
9.7.6 其他命令
习题
参考文献
第10章 Perl语言
10.1 Perl版本
10.2 Perl标量数据
10.2.1 Perl运算符
10.2.2 标量变量
10.2.3 数字及字符串的比较运算符
10.3 列表与数组
10.3.1 数组及其赋值操作
10.3.2 数组元素的引用
10.3.3 数组相关的几个命令
10.4 哈希
10.4.1 哈希赋值
10.4.2 哈希的相关函数
10.5 判断式及循环控制结构
10.5.1 if条件判断式
10.5.2 while循环结构
10.5.3 until循环结构
10.5.4 foreach循环结构
10.5.5 each控制结构
10.6 正则表达式
10.6.1 正则表达式相关符号
10.6.2 捕获变量
10.6.3 正则表达式中特殊字符的意义
10.7 Perl的排序
10.7.1 sort命令
10.7.2 sort与比较运算符及默认函数的连用
10.8 Perl默认的函数的总结
10.9 程序精解
10.9.1 实例一：从fasta文件中寻找特定的序列
10.9.2 实例二：文本内容分类统计功能
10.9.3 实例三：统计文件内容是否有重复
10.9.4 实例四：Scaffolds序列的排序
习题
参考文献
第11章 测序方法及数据处理
11.1 测序技术的发展
11.1.1 第一代测序方法
11.1.2 二代测序方法
11.1.3 测序文库插入片段大小选择
11.1.4 测序类型
11.1.5 测序方法的搭配
11.1.6 测序质量值
11.2 测序数据处理
11.3 测序数据质量分析
11.3.1 用FastQC软件对测序数据进行评估
11.3.2 NGSQCToolKit对测序Reads的处理
11.3.3 FASTX_Toolkit对测序Reads的处理
11.4 深度测序数据上传SRA数据库
11.4.1 材料准备
11.4.2 注册项目信息
11.4.3 提供技术信息
11.4.4 上传数据
11.4.5 数据传输完毕状态
习题
参考文献
第12章 基因组组装
12.1 Velvet拼装软件
12.1.1 Velvet软件安装
12.1.2 Velvet参数介绍
12.1.3 Velvet命令运行
12.1.4 Velvet运行结果解读
12.2 SOAPdenovo软件拼装
12.2.1 软件的安装
12.2.2 参数介绍
12.2.3 SOAPdenovo命令运行
12.2.4 SOAPdenovo运行结果解读
12.3 ABySS软件拼装
12.3.1 ABySS的安装
12.3.2 ABySS主要参数介绍
12.3.3 ABySS命令运行
12.3.4 ABySS运行命令结果解读
12.4 ALLPATH-LG软件拼装
12.4.1 ALLPATH-LG的安装
12.4.2 ALLPATH-LG的主要参数
12.4.3 ALLPATH-LG测试数据运行过程解读
12.4.4 运行结果解读
12.5 Gaps修补
12.5.1 GapFiller软件安装
12.5.2 相关参数介绍
12.5.3 程序运行命令
12.5.4 运行结果解读
12.6 基因组组装效果评估
习题
参考文献
第13章 小RNA测序数据分析
13.1 小RNA测序简介
13.2 小RNA测序数据质控
13.3 miRNA的识别
习题
参考文献
第14章 RNA-seq数据分析
14.1 转录组序列比对
14.1.1 数据准备
14.1.2 比对数据库
14.1.3 TopHat软件下载及安装
14.1.4 Bowtie软件和SAMtools软件下载及安装
14.1.5 常用TopHat参数介绍
14.1.6 基因组数据库序列索引
14.1.7 TopHat使用实例
14.1.8 输出文件说明
14.2 转录本组的组装
14.2.1 cufflinks的安装
14.2.2 cufflinks的参数
14.2.3 cufflinks的输出结果
14.3 合并转录组
14.3.1 用cuffmerge合并转录本的命令
14.4 基因表达差异分析
14.4.1 用cuffquant计算表达谱
14.4.2 用cuffdiff计算不同样本表达谱的差异
14.5 差异表达结果的热图表示
习题
参考文献
第15章 基因预测
15.1 GeneMark软件序列
15.1.1 GeneMarkS的安装
15.1.2 相关参数介绍
15.1.3 GeneMarkS命令运行
15.1.4 GeneMarkS运行结果解释
15.2 Glimmer软件
15.2.1 Glimmer软件安装
15.2.2 相关命令参数介绍
15.2.3 程序运行
15.2.4 结果解读
15.3 AUGUSTUS
15.3.1 AUGUSTUS软件安装
15.3.2 相关参数介绍
15.3.3 训练AUGUSTUS
15.4 PASA
15.4.1 PASA软件安装
15.4.2 相关命令参数介绍
15.4.3 命令运行
15.4.4 运行结果解读
15.5 EVM (EVidenceModeler)
15.5.1 EVM软件下载安装
15.5.2 相关参数介绍
15.5.3 EVM软件的运行
习题
参考文献
第16章 基因注释及功能分析
16.1 BLAST软件介绍
16.1.1 BLAST软件安装
16.1.2 相关命令参数介绍
16.2 NR注释
16.2.1 NR数据库制备过程
16.2.2 NR注释过程
16.3 COG注释
16.3.1 COG数据库准备过程
16.3.2 COG命令注释过程
16.4 Swiss-Prot注释
16.4.1 数据库准备
16.4.2 Swiss-Prot注释过程
16.4.3 InterPro注释
16.5 KEGG注释
16.6 GO注释
习题
参考文献
附录A 生物信息学文件格式
实用生物信息学是2017年由电子工业出版社出版,作者冯世鹏 等。
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